Kierownik: prof. dr hab. Wojciech Pląder
dr inż. Magdalena Pawełkowicz, mgr inż. Agnieszka Skarzyńska, mgr inż. Michał Wojcieszek
W naszym zespole, wykorzystując najnowsze technologie, m.in sekwencjonowanie następnej generacji (NGS) oraz narzędzia bioinformatyczne, analizujemy dane pochodzące z różnych poziomów omicznych: genomów, transkryptomów, miRNomów czy metabolomów, aby głębiej poznać mechanizmy zachodzące w roślinach. Rośliną modelową, którą wykorzystujemy w badaniach jest ogórek.
W zespole został złożony nowy genom referencyjny ogórka linii B10 wykorzystując metodę hybrydową długich i krótkich odczytów sekwencyjnych. Została wykonana również strukturalna i funkcjonalna adnotacja genomu. Co dalej wykorzystujemy w analizach porównawczych linii ogórka uzyskanych w wyniku mutagenezey, zmienności somaklonalnej oraz transgenezy, w celu sprawdzenia wpływu różnych metod generowania zmienności na rośliny użytkowe.
Wykorzystując dane własne oraz dostępne w bazach danych wykonujemy modelowanie bioinformatyczne sieci molekularnych interakcji białkowych, co może posłużyć do głębszego zrozumienia wzajemnych powiązań międzycząsteczkowych.
Kontynuujemy prace dotyczące identyfikacji oraz charakterystyki genów i procesów związanych z determinacją płci u ogórka oraz ogólnie u roślin uprawnych. Jest to ważne ze względu na możliwość lepszego poznania oraz kontrolowania wzrostu i rozwoju roślin, co jest szczególnie istotne w obliczu zmieniających się warunków klimatycznych i zagrożeń z tym związanych.
Prowadzone projekty:
Integracja danych multi-omicznych ogórka w celu identyfikacji mechanizmów determinacji płci i ich uwarunkowań klimatycznych
lata realizacji: 2021 – 2025, NCN, Opus 19
- Złożenie genomu referencyjnego ogórka linii B10 i jego adnotacja
- Genomiczne i transkryptomiczne konsekwencje różnych metod generowania zmienności u roślin
- Opracowanie metodyki identyfikacji zmienności genomicznej
- Analiza transkryptomów ogórka w rozwiązaniu zagadnienia determinacji płci roślin
Publikacje (5 wybranych):
Effect of Transgenesis on mRNA and miRNA Profiles in Cucumber Fruits Expressing Thaumatin II.
Pawełkowicz ME, Skarzyńska A, Sroka M, Szwacka M, Pniewski T, Pląder W. (2020) Genes, 11:334.
Genome-wide discovery of DNA variants in cucumber somaclonal lines.
Skarzyńska A, Pawełkowicz M, Pląder W. (2020) Gene, 736:144412.
A high-quality cucumber genome assembly enhances computational comparative genomics.
Osipowski P, Pawełkowicz M, Wojcieszek M, Skarzyńska A, Przybecki Z, Pląder W. (2020) Molecular Genetics and Genomics, 295:177-193.
Genetic and molecular bases of cucumber (Cucumis sativus L.) sex determination.
Pawełkowicz ME, Skarzyńska A, Pląder W, Przybecki Z (2019) Molecular Breeding, 39:50.
Comparative transcriptome analysis reveals new molecular pathways for cucumber genes related to sex determination.
Pawełkowicz M, Pryszcz L, Skarzyńska A, Wóycicki RK, Posyniak K, Rymuszka J, Przybecki Z, Pląder W. (2019) Plant reproduction, 32:193-216.
Kontakt: Agnieszka Skarzyńska